Q：營利事業如何於調查或復查階段證明所申報所得額為真？

A：凡以營利為目的之事業，其商業會計事務之處理，均應依商業會計法及稅捐稽徵機關管理營利事業會計帳簿憑證辦法等規定，設置會計人員，就會計事項之發生，設置會計帳簿，取得、給予或自行編製足以證明事實過程之會計憑證，遵循會計事務處理程序，編制正確合法之表報適時向稽徵機關申報，並依規定保存相關帳簿憑證，藉供調查。

司法實務判決上，向來就課稅處分之要件事實，有關營利事業所得加項之收入，由稅捐稽徵機關負舉證責任；有關所得計算基礎之減項，即「成本」與「費用」，因屬於權利發生後之消滅事由，則應由納稅義務人負舉證責任。尤其認為納稅義務人對成本、費用及損失是否「與經營本業及附屬業務具有關連性」之待證事實負擔舉證責任（改制前行政法院71年判字第1242號判例、最高行政法院 104年度判字第1242號判決意旨與100年度12月份第1次庭長法官聯席會議決議意旨參照），因此如果納稅義務人不能積極證明該待證事實存在，即應受不利之決定。

又依所得稅法第83條規定，稽徵機關進行調查或復查時，納稅義務人應提示有關各種證明所得額之帳簿文據，其未提示者，稽徵機關即得依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額。此項帳簿文據，應由納稅義務人依稽徵機關規定時間送交調查，其因特殊情形，經納稅義務人申請或稽徵機關認有必要，得派員就地調查。納稅義務人如已提供有關資料，稽徵機關即應就其提供之資料調查核定，不會仍以同業利潤標準相繩而核定其所得額。(56判18 ；57判60；61判198)