民國68年7月1日高雄市奉准改制為院轄市，財政部援例成立高雄市國稅局，命張耀東先生為首任局長，負責首創試辦功能編組新制，使我國稅務之稽徵制度邁入新紀元，繼於92年1月1日將營業稅收回自行稽徵，並自98年1月1日起提升為一等局，所屬三民稽徵所同步改制為三民分局。
配合高雄縣市合併改制，奉核定以100年1月1日為國稅局組織、業務及服務轄區調整之基準日，原隸屬南區國稅局之高雄縣分局、岡山稽徵所及旗山稽徵所等3單位，自100年1月1日起改隸屬本局，高雄縣分局配合行政區域調整，更名為「高雄市國稅局鳳山分局」；配合財政部及所屬機關組織法制定（修正）公布施行，自102年1月1日起，機關名銜變更為「財政部高雄國稅局」。
依財政部111年1月19日修正發布本局處務規程，自112年1月16日起，將一級內部單位「科」調整為「組」，由十科整併為六組，並衡酌各組及稽徵所業務量與平均人力後，減列部分股數。
本局自68年7月1日成立，張耀東先生為第一任局長，先後經侯伯烈、王政一、鄭孝釗、楊有明、楊重華、黃瓊祥、林吉昌、李述德、許虞哲、鄭宗典、邱政茂、楊文哉、陳金鑑、何瑞芳、吳英世、洪吉山、蔡碧珍、李怡慧、陳柏誠等歷任局長，113年1月16日由翁培祐接任本局第21任局長。